كانت القرية قائمة على أرض متعرّجة في طرف السفوح الغربية لجبال رام الله. وكانت طريق فرعية تصلها بطريق الرملة- رام الله العام (الذي كان يمر من الجهة الشمالية الشرقية للقرية. وكانت بير معين مبنية حول بئر قديمة تحمل الاسم نفسه. وقد سماها الصليبيون بيرمينين (Bermenayn) وجعلوها إقاطاعة موقوفة لكنيسة القبر المقدس في القرن الثاني عشر للميلاد. يف سنة 1596، كانت بير معين قرية في ناحية الرملة (لواء غزة)، وعدد سكانها 165 نسمة. وكانت تؤدي الضرائب على عدد من الغلال كالقمح والشعير والزيتون والسمسم، بالإضافة إلى عناصر أخرى من الإنتاج والمستغَلات كالماعز وخلايا النحل ومعصرة كانت تستعمل لعصر الزيتون أو العنب.
في القرن التاسع عشر، وُصفت بير معين بأنها مزرعة صغيرة مبنية على مرتفع من الأرض. وفي العصور الحديثة كانت القرية مقسمة قسمين، شمالي وجنوبي، يفصل بينهما شارع مرصوف بالحجارة. وكان القسم الشمالي مستطيل الشكل، بينما كانت القسم الجنوبي على شكل نصف دائرة. وكانت المنازل مبنية بالحجارة والطين، وقد بُني الكثير منها في الأعوام الأخيرة من عهد الانتداب، ولا سيما في الجهة الشمالية الغربية.
كان سكان بير معين من المسلمين في معظمهم، لهم فيها مسجد وإلى جانبه مدرسة ابتدائية أُسست في سنة 1934. وكانت أراضي القرية غنية بالمياه الجوفية التي مكنت السكان من زرع غلال متنوعة، كالحبوب والخضروات والعنب والتين والخوخ واللوز والزيتون، الذي كان شجره يغطي مساحة 146 دونماً. في 1944/1945، كان ما مجموعه 2880 دونماً مخصصاً للحبوب، و176 دونماً مروياً أو مستخدماً للبساتين. وكان في جوار القرية ثلاث خرب تحتوي على أُسس منازل دارسة، وقطع أعمدة، وصهاريج، وكهوف منقورة في الصخر، ومدافن، وزريبة مربعة كبيرة.
إحتلال القرية وتطهيرها عرقيا
باحتلال هذه القرية في 15-16 تموز/يوليو 1948، سيطرت القوات الإسرائيلية على طريق رام الله- اللطرون العام؛ وهذا كان هدف المرحلة الثانية من عملية داني بعد الاستيلاء على اللد والرملة.
ويروي ((تاريخ حرب الاستقلال)) أن الوحدات التي اشتركت في الاستيلاء على القرية كانت مؤلفة من فصيلتين من الكتيبتين الأولى والثانية في لواء يفتاح. وفي هجوم مضاد شُن بعد ظهر 16 تموز/يوليو، تكبّد الجيش العربي الأردني خسائر جسيمة عندما حاول، بلا طائل، استنقاذ قريتي سلبيت وبرفيلية المجاورتين. وفي اليوم التالي، نقلت وكالة إسوشيتد برس أن القوات الإسرائيلية المرابطة في قريتي بير معين والبرج أخضعت طريق اللطرون- رام الله العام لنيران أسلحتها الخفيفة.
القرية اليوم
لا يزال بناءان متداعيا الحيطان يشاهدان في الموقع الذي يكسو أرجاءه الصبار والنباتات الشائكة ونبات ذيل الفار ورِجل الحمام وشجر اللوز والصنوبر. ويُستعمل قسم من الأراضي المحيطة حقلاً للرماية، وغير ذلك من الأغراض العسكرية الإسرائيلية. أما القسم الآخر فيزرعه الإسرائيليون.
المغتصبات الصهيونية على اراضي القرية
في سنة 1986، أُنشئت مستعمرة مكابيم العسكرية على أراضي القرية.