كانت القرية مبنية على رقعة مستوية من الأرض في السهل الساحلي الأوسط. وكانت تقع على الطريق العام المفضي إلى الرملة ويافا وسواهما من المدن، وتصلها جملة من الطرق بقرى المنطقة. يضاف إلى ذلك أن خط سكة الحديد، الواصل بين اللد ويافا، كان يمر على بعد 1.5 كلم إلى الشرق من القرية. ثمة رواية تقول إن رهطاً من قبيلة قضاعة استوطن القرية في العصور الإسلامية الأولى وسماها باسم وطنه الأصلي: وادي حنين من بلاد حضرموت (في اليمن). وفي الأزمنة الحديثة، كانت منازل القرية مبنية بالطين أو الحجارة أو الأسمنت، وكانت مبعثرة في الموقع على غير نظام. وكان يتوسط القرية مسجد وبضعة متاجر. وكان سكانها كلهم من المسلمين.
في العقد الأول من القرن العشرين، بدأت صناعة الحمضيات في المنطقة الساحلية، الواقعة إلى الغرب من وادي حنين، تزدهر وتجتذب العمال من النواحي المجاورة. وقد جاء فلسطينيون كثيرون من مناطق أُخرى للعمل في زراعة الحمضيات، واستقر بعضهم في وادي حنين. كما وصل بعض المهاجرين الصهيونيين واستقر نيس تسيونا؛ وهي مستعمرة أُقيمت على أراض اشتُريت من وادي حنين في سنة 1883. وقد أدى تدفق العمال الزراعيين الذين وجدوا أعمالاً لهم في بساتين الحمضيات التي يمتلكها العرب، أو في تلك التي يمتلكها سكان مستعمرة نيس تسيونا، إلى زيادة عدد سكان وادي حنين وفي العقود الأربعة الأولى من القرن العشرين، تعرضت السياسة ((الليبرالية)) التي انتهجتها نيس تسيونا لانتقادات حادة من كبار الصهيونيين، لأنها لم تُقْصِ اليد العاملة غير اليهودية عن المشاريع الصهيونية. لكن سياسة الاستبعاد العامة كانت صعبة التطبيق في نيس تسيونا، لأنه لم يكن يفصل بينها وبين وادي حنين شيء غير الطريق. فقرية وادي حنين كانت القرية الوحيدة ((المختلطة)) حقاً، من قرى فلسطين، والتي كان المهاجرون الصهيونيون والأهالي الفلسطينيون فيها يتجاورون حقاً في عيشهم وعملهم.
كان تلامذة القرية الخمسة والستون كلهم يؤمون المدرسة المحلية القائمة في صرفند الخراب، في أواسط الأربعينات. وكانت أراضيها الزراعية مستوية، على وجه الإجمال، وتربتها خصبة. وكان أهم الغلال الحمضيات، التي كانت بساتينها تروى بالمياه المستمدة من الآبار الارتوازية الكثيرة المحفورة في القرية. وكان سكان وادي حنين يعملون في البساتين ويسوّقون محاصيلهم في المدن. في 1944/1945، كان ما مجموعه 1827 دونماً مخصصاً للحمضيات والموز، و134 دونماً للحبوب، و19 دونماً مروياً أو مستخدماً للبساتين.
إحتلال القرية وتطهيرها عرقيا
يشير المؤرخ الإسرائيلي بِني موريس إلى أن سكان القرية فروا، في 17 نيسان/أبريل 1948، من جرّاء الاستيلاء على بلدة مجاورة. لكن، وبما أنه لم تحدث أية عمليات عسكرية صهيونية مهمة في الجوار، في ذلك الوقت، فإن اسم تلك البلدة المجاورة يبقى مجهولاً. أقرب المخاطر على القرية كان يبعد مسافة ما إلى الشرق، في ممر القدس، حيث كان لواء غفعاتي قد أنجز عملية نحشون، وحيث كانت مجزرة دير ياسين قد ارتُكبت منذ أكثر من أسبوع. أما القرية المجاورة الوحيدة الأُخرى التي ربما كانت أُخليت من سكانها، في ذلك الوقت، فهي صرفند الخراب التي رُوي أنها أخليت من سكانها في 20 نيسان/أبريل، خوفاً من هجوم صهيوني. ولئن كانت هذه التواريخ صحيحة، فمن الجائز أن تكون قرية وادي حنين استُهدفت أو هُددت، كجارتها صرفند الخراب، في سياق حملة ((التطهير)) التي نفذتها الهاغاناه في نيسان/أبريل وأوائل أيار/مايو في السهل الساحلي، أو في أثناء تطويق يافا في النصف الثاني من نيسان/أبريل.
القرية اليوم
حُوّل المسجد إلى كنيس لليهود يدعى غولات يسرائيل. وقد سلم نحو عشرة منازل؛ منها منزل كان للشيخ سليمان الفاروقي تسكنه أُسر يهودية الآن. وهو منزل من طبقتين، له مظهر مباني للشقق السكنية وينقسم إلى خمس وحدات لكل منها شرفة أمامية. كما حُوّل منزل ابن حامد، ذو العمارة الرائقة والسقف المزوّى على شكل الجملون، إلى مستشفى للأمراض القعلية. ويستعمل الجيش الإسرائيلي منزل أبو عمر أفندي، الأشبه بالقصر، لأغراض غير محددة ويحظر تصويره. ويشاهَد في الموقع مجموعات من شجر الخروع والسرو والتوت. أما الأراضي المحيطة، فيزرعها الإسرائيليون.
المغتصبات الصهيونية على اراضي القرية
في سنة 1883، أُنشئت مستعمرة نيس تسيونا في الجانب الغربي من الطريق الساحلي الممتد بين غزة ويافا. ومع توسعها شُيّد بعض أبنيتها على أراضي القرية. كما دُمجت مستعمرة كفار أهارون، التي أُنشئت في سنة 1948 على أراضي القرية، في مستعمرة نيس تسيونا.